Résolument indépendante, la Fondation ne reçoit aucune subvention de l'Etat et agit en faveur de la cause animale uniquement grâce à la générosité de ses donateurs et de tous les amis des animaux.
A la différence d'une association, elle doit satisfaire aux obligations légales et aux contrôles rigoureux qu'implique son statut particulier.
Par son statut de "Fondation reconnue d'utilité publique", elle s'engage vis-à-vis des institutions comme du public sur la transparence de ses comptes : à son Conseil d'Administration siègent les représentants de trois Ministères de tutelle (Ministère de Intérieur, de Agriculture et de Ecologie et du développement durable) et, chaque année, son bilan financier est certifié par un commissaire aux comptes.