Résolument indépendante, la Fondation ne reçoit aucune subvention de l'Etat et n'existe que grâce à la générosité de ses donateurs. A la différence d'une association, elle doit satisfaire aux obligations légales et aux contrôles stricts qu'implique son statut particulier de " Fondation reconnue d'utilité publique ". Elle s'engage vis-à-vis des institutions comme du public sur la transparence de ses comptes : à son Conseil d'Administration siègent les représentants de trois Ministères (Intérieur, Agriculture et Ecologie) et, chaque année, son bilan financier est certifié par un commissaire aux comptes.
Une procédure d'aide rigoureuse garantit la bonne utilisation des fonds qui lui sont confiés. La Fondation réalise toujours une enquête avant d'accorder sa confiance aux refuges et associations qu'elle soutient et vérifie soigneusement la destination et l'usage des fonds versés. Pas de prêt, pas d'aide en numéraire, elle procède directement au règlement des factures des fournisseurs et praticiens (vétérinaires, EDF, entreprises…).
